"Es begab sich aber zu der Zeit" berichtet von der beschwerlichen Reise zweier Menschen, Maria und Joseph, von einer wundersamen Schwangerschaft und von Jesu Geburt, die die Zeitenwende definiert. Der Film berichtet von der gefahrvollen Reise eines jungen Paares, das aus seinem Wohnort Nazareth in Josephs Geburtsort Bethlehem wandert, um sich für die von König Herodes angeordnete Volkszählung eintragen zu lassen. Die Strecke führt über 150 Kilometer durch unwegsame Landschaften und wird zusätzlich durch den Umstand erschwert, dass Maria im neunten Monat schwanger ist.