Anders als im Buch, steht im Film der Spezialagent Urs Rappold (Klaus Maria Brandauer) von der Antispionage-Abteilung des Staatsschutzes im Mittelpunkt. Der Schweizer Radioreporter Werner Eiselin (Markus Merz) gerät unter Generalverdacht, nachdem PR-Berater Dr. Harry Wind (Sebastian Koch) der Bundespolizei kompromittierendes Material zugespielt hat. Auf mehreren seiner Fotos ist zu sehen, wie ein russischer Verbindungsoffizier Eiselin einen ominösen Umschlag übergibt. Das genügt schon, um den Russlandkenner von Radio Beromünster der kommunistischen Agitation zu verdächtigen und zu verhaften. So wird der Journalist von einem Tag auf den anderen vom beliebten Starreporter zum gehassten Staatsfeind. Er ist diesem Druck nicht gewachsen und nimmt sich im Verhörraum das Leben.

Etwas zu spät beginnt Urs Rappold zu zweifeln und sich zu fragen, ob die Fotos überhaupt echt waren, warum sie gemacht wurden und weshalb Harry Wind sie ihm übermittelte. Gegen alle Widerstände lässt er Wind verhaften und startet umfangreiche Ermittlungen. Der Vorgang gerät zu einem regelrechten Katz-und-Maus-Spiel, bis Rappold realisieren muss, dass er benutzt und reingelegt wurde. Dass sein Gegenüber ein erfolgreicher Manipulator ist, ein undurchsichtiger Lügner, ein Faktenverdreher und Geschichtenkonstrukteur.

Manipulation, vom Schweizer Regisseur Pascal Verdosci, lebt von seiner Agentenstory aus dem Kalten Krieg und besonders von seinen Hauptdarstellern Brandauer und Koch, die hier erstmals gemeinsam in einem Film agieren. Besonders Rappolds Entwicklung ist faszinierend zu beobachten. Er ist ein Mann, der von seinem Glauben an die Demokratie und den Rechtsstaat abfällt. Anfänglich glaubt er, er könne Kommunisten förmlich riechen, dann stellt der Fall Harry Wind sein ganzes Wertesystem auf den Kopf. Plötzlich ist gut böse und böse gut. Warum? Rappold hat die Informationen, die er von höchster Stelle zugetragen bekam, nicht überprüft. Er hat dem System vertraut und muss feststellen, dass das falsch war. Am Ende seines Arbeitslebens muss er erkennen, dass es sinnlos war. Wind hat mit ihm, wie mit anderen Menschen, „Schach“ gespielt. Der PR-Berater vermochte, ihre Reaktionen zu berechnen und war so immer um mehrere Züge voraus. Wie die beiden sich gegenübertreten, -sitzen und -stehen, macht den Gehalt dieses Politthrillers aus. Was sie umgibt, ist eine kühle Bürokratenwelt in dunklen Farben: gesichtslose Flure, Büros, Verhörräume, Archive und Zellen, die den Schauspielern zum Funkeln verhelfen.