6000 Jahre vor Soras und Shiros Ankunft tobt ein gewaltiger Krieg in Disboard, der das Land verwüstet, den Himmel zerreißt, die Sterne zerstört und sogar den Untergang der Menschheit mahnt. Inmitten des Chaos und der Zerstörung führt ein junger Mann namens Riku die Menschheit in eine Zukunft, an die er selbst glaubt. In den Ruinen einer Elfenstadt trifft er eines Tages Shuvi, eine verbannte „Ex-Machina“-Androidin, die von ihm lernen will, was es heißt, ein menschliches Herz zu haben.