Die Katholiken und die protestantischen Hugenotten stehen sich im Frankreich des 16. Jahrhunderts unversöhnlich gegenüber. Die Situation gerät außer Kontrolle, als verschiedene Fürsten die innenpolitische Lage ausnutzen und intrigieren. Um diesen Zustand zu entspannen, wird Margot (Isabelle Adjani), Katholikin und Schwester von Charles IX., König von Frankreich (Jean-Hugues Anglade), gegen ihren Willen mit dem protestantischen König Henry de Navarre (Daniel Auteuil) verheiratet. Eine mit Gewalt herbeigeführte Vernunft-Vermählung, die Frieden zwischen den Konfessionen stiften soll. Doch sechs Tage nach der Hochzeit, am 24. August 1572, dem Namenstag des Apostels Bartholomäus, beginnt ein Massaker an den Hugenotten. Tausende von ihnen fallen dem Pogrom zum Opfer. Margot stellt sich auf die Seite ihres Mannes und der Hugenotten. Sie bewahrt den protestantischen Adligen La Môle (Vincent Perez), der sich in ihre Gemächer flüchtet, vor dem Tod.