Sie sitzen im Hochsicherheitstrakt des kalifornischen Frauengefängisses wegen Beteiligung an mehreren Morden und warten auf ihre Hinrichtung. Als diese aufgehoben wird, sie jedoch trotzdem im Hochsicherheitstrakt bleiben müssen, beschließt die Gefängnisleitung, ihnen Unterricht anzubieten. Die junge Lehrerin Karlene (Merritt Wever) soll die Aufgabe übernehmen. 

Und sie staunt nicht schlecht, wie tief das Brainwashing bei den drei jungen Frauen sitzt, wenn sie ihr beim ersten Treffen vorbeten, was Charlie ihnen alles als ultimative Wahrheiten erzählt hat. Gebetsgleich wiederholen sie das Titelgebende „Charlie says“ und erzählen dann von einer großen Höhle in der Wüste, in der sie die Endzeitrevolte gemeinsam überleben wollten und aus der sie als Elfen zurück auf die Erde kehren würden.

Wie aus solchen abstrusen Vorstellungen Lebensüberzeugungen werden können, erzählt Harron in Rückblenden. Dieser zeitlich rückversetzte Erzählstrang, der immer wieder von den Gesprächen im Gefängnis unterbrochen wird, beginnt damit, wie Leslie zur Manson-Farm kommt. Mit großen Augen bestaunt sie die Kommune und das Zusammenleben. Es ist 1969 und eine ganze Generation ist auf der Suche nach Freiheit und alternativen Lebensformen. Leslie meint, diese bei Manson gefunden zu haben. Harron schafft es sehr klug, die emotionale und psychologische Manipulation der Frauen aufzuzeigen. Manson, grandios gespielt von Doctor-Who-Darsteller Matt Smith, knüpft dort an, wo die Frauen Unterdrückung, Misshandlung und Schmerz in den eigenen Familien erfahren haben. Er fragt nach ihren seelischen Wunden, den Unsicherheiten, erzählt ihnen dann, dass sie schön seien, perfekte Wesen, schläft dann mit ihnen und bringt ihnen bei, ihn als Freudschen Vaterersatz anzusehen. Ganz subtil werden die Regeln eingeführt, die nichts mehr mit Liebe und Gleichberechtigung zu tun haben: das Geld ist bei den Männern abzugeben, Essen bekommen die Frauen erst, wenn die Männer ihre Portion erhalten haben, gelesen wird nur, was Charlie für richtig befindet, die Bibel etwa. 

Die Methoden, mit denen Manson seine Macht durchsetzt werden immer brutaler, von krassen Beleidigungen („Dein kleines weibliches Gehirn ist überfordert, hier die Logik zu erkennen“, sagt er einmal zu Leslie, als die ihm vor der gesamten Gruppe widerspricht.), bis hin zu Schlägen. Da sind die Frauen aber schon so in der Ideologie und der Hörigkeit gefangen, dass sie keinen Ausweg mehr sehen, als immer weiter nach vorn zu rennen und auszuführen, was Manson als Notwendigkeit für das Lostreten einer großen Endzeitrevolution ansieht. Wer sich bei den aktuellen Berichten über Frauen, die dem IS betreten fragt, wie so etwas geschehen kann, findet bei Harron eine überzeugende Antwort. 

Dass Mansons Ideen in brutalsten Morden endeten, zeigt Harron explizit. Sie malt die Grausamkeiten aber nicht aus, setzt eher auf die indirekte Brutalität einer Kamera, die den Täterinnen ins Gesicht schaut und darin das Grauen spiegeln lässt, statt das Gemetzel zu zeigen. Die Frauen werden hier nicht einfach als Opfer eines irren Kultführers dargestellt — das ist der beste und wichtigste Punkt, den Harron hier herausarbeitet. Jede hatte ihre Gründe, den Anweisungen Mansons zu folgen. „Wir hatten wirklich daran geglaubt, dass eine große Veränderung bevorstand. Hast Du das nicht auch gespürt“, wird Leslie am Ende im Gefängnis Karlene fragen. „Doch, das haben wir“, wird sie antworten. „Aber das hat uns nicht veranlasst, Menschen zu töten.“ Die Entscheidung, ein Verbrechen zu begehen, liegt bei jedem selbst. Jeder trägt die Verantwortung für seine Taten. Charlie Says zeigt auf, was geschieht, wenn man stur einem Anführer hinterherrennt. Und damit ist der Film erschreckend aktuell.