Der jungen, schönen Inés Bilbatua (Natalie Portman), Tochter eines reichen Kaufmannes (José Luis Gómez), wird ihr Widerwille gegen Schweinefleisch zum Verhängnis, und sie wird unter dem Vorwurf, jüdische Riten zu praktizieren, verhaftet. Derweil bemüht sich ihr Vater Tomás heftigst, Inés zu retten, und bittet den angesehenen Hofmaler Francisco Goya (Stellan Skarsgård), der die junge Frau kürzlich porträtierte, seinen Einfluss dahin gehend einzusetzen. Denn der Künstler wird gerade beauftragt, ein Bildnis des glühenden und mächtigen Inquisitors Pater Lorenzo (Javier Bardem) zu malen, dem das Gemälde von Inés, das er bei Goya sieht, nur allzu gut gefällt. Tatsächlich, zudem von der Aussicht einer großen finanziellen Zuwendung der Familie Bilbatua motiviert, besucht Pater Lorenzo Inés im Kerker, doch diese ist bereits an den Qualen der Folter zerbrochen und hat gestanden, was auch immer ihr vorgeworfen wurde.

Bei einem Besuch in ihrem Elternhaus gemeinsam mit Goya berichtet Pater Lorenzo den entsetzten Eltern, dass Inés offensichtlich schuldig sei, was ihr Geständnis beweise, und es entwickelt sich eine kontroverse Diskussion um die fragwürdigen Methoden der Inquisition. Als Mann der Kirche behauptet der Pater überzeugt, dass der feste Glaube an Gott eine aufrichtige, unschuldige Person selbst in größter Pein an der Wahrheit festhalten lasse, doch mit dieser Haltung steht er allein da. Schließlich inszeniert der verzweifelte Tomás eine drastische Demonstration, um dem Kleriker das Gegenteil zu beweisen: Der erbarmungslose Inquisitor selbst wird nun so lange schmerzensreich am Kronleuchter aufgehängt, bis er bereit ist, mit seiner Unterschrift zu bekennen, dass er der Sohn einer Schimpansin und eines Orang-Utan sei. Und mit diesem Schriftstück in der Hand setzt die Familie Bilbatua Pater Lorenzo nun unter Druck, sich mit all seiner Macht für die Freilassung ihrer Tochter einzusetzen.

Rasch wird deutlich, dass das Schicksal der jungen Inés offenbar besiegelt ist, und selbst eine Intervention des spanischen Königs (Randy Quaid) bleibt erfolglos. Auch wenn die Verurteilte der Todesstrafe entgeht, muss sie doch auf unbestimmte Zeit im Kerker verbleiben. Pater Lorenzo allerdings wird durch sein auffälliges Engagement für Inés selbst zu einer verdächtigen Person, und als das belastende Schriftstück auftaucht, das einem Todesurteil gleichkommt, schließlich zum Verfolgten und Flüchtigen.
Erst 15 Jahre später kehrt er als einflussreicher Revolutionär mit den napoleonischen Truppen, die Spanien besetzen, nach Madrid zurück, nun auf Seiten der Weltlichkeit, um die Herrschaft des Klerus zu beenden. Doch seine Vergangenheit holt ihn jetzt wieder ein, denn er begegnet dem mittlerweile tauben Goya und schließlich sogar der völlig gebrochenen Inés wieder, die auf der Suche nach ihrer Tochter ist, die sie einst im Kerker gebar.

Goyas Geister / Goya´s Ghosts ist kein Porträt des spanischen Malers Francisco José de Goya y Lucientes, sondern ein packendes Historiendrama im Geiste seiner Epoche, in welchem der Künstler eine tragende Rolle als Chronist und Vermittler innehat. Im Zentrum der Handlung steht jedoch die vielschichtige Figur des Pater Lorenzo, exzellent verkörpert von Javier Bardem (Das Meer in mir / Mar Adentro), sowie das tragische Schicksal von Inés, beeindruckend dargestellt von Natalie Portman (Léon – Der Profi / Léon, Hautnah / Closer), während Stellan Skarsgård (Dogville, Das Glashaus / The Glass House) als Goya seiner Rolle gemäß eher zurückhaltend agiert.

Der tschechische Regie-Altmeister Miloš Forman, der sich nach seinem enormen Erfolg mit Amadeus aus dem Jahre 1984 erneut filmisch mit einem berühmten historischen Künstler und dessen Zeitgeist beschäftigt, präsentiert mit Goyas Geister / Goya´s Ghosts eine kluge, detailliert ausgestaltete Geschichte über Unschuld, Schuld, Humanismus und die Fallgruben der Ideologie, deren Intensität und Komplexität weit über die üblichen historischen Filmwerke hinausgeht.