Zürich im Jahre 1938: Die deutsche Sängerin Willie (Hanna Schygulla) ist heftig in den jüdischen Komponisten Robert (Giancarlo Giannini) verliebt, dessen Talent auf eine erfolgreiche Laufbahn hindeutet, und trotz der politisch explosiv gefährlichen Zeiten erfreut sich das Paar an der liebevollen Beziehung. Während sich Robert streng geheim als Kurier für die konspirative Organisation seines Vaters David (Mel Ferrer) betätigt, die Juden bei der Flucht aus Deutschland unterstützt, wird Willie ausgerechnet in Nazi-Kreisen als Künstlerin populär, was sich mit der Aufnahme des Liedchens „Lili Marleen“ zu einer Blitzkarriere auswächst. David fürchtet auf Grund der Verbindung zu Willie um die Sicherheit seines Sohnes und intrigiert gegen die Sängerin, was zu einer räumlichen Trennung der Liebenden führt, da Willie nun die Einreise in die Schweiz verwehrt bleibt. Die junge Frau ist verzweifelt, zumal die Mentalität der Nationalsozialisten sie zunehmend abstößt, und sie beginnt, sich stärker am Widerstand gegen das Terrorregime zu beteiligen, womit sie sich in enorme Gefahr begibt. Erst nach Ende des Krieges gibt es eine Möglichkeit, Robert wiederzusehen, doch dieser ist inzwischen verheiratet …

Rainer Werner Fassbinder hat den Fokus von Lili Marleen auf die zwischenmenschlichen Interaktionen und Emotionen seiner Figuren gesetzt, deren Haltungen und Handlungen trotz der permanent präsenten politischen Komponente in einer persönlichen Dimension betont werden, deren Intensität den Zuschauer in eine mitunter recht unangenehme Nähe zu ihnen rückt – gerade zu jenen, die man gern auf Distanz hält; ein erstaunlicher Effekt, der zu den filigranen Kniffen des Regisseurs zählt. Auch wenn er aus der heutigen Perspektive heraus mitunter ein wenig brav erscheint, ist Lili Marleen nach wie vor ein bewegender, vielschichtiger Film in bester Fassbinder-Manier, dessen Tragik sich in den geheimnisvollen Zeilen und der schwermütigen Melodie des Jahrhundert-Songs manifestiert, dem wie den Protagonisten Sehnsucht, Tristesse und Zerrissenheit anhaften.